V roce 1950, po vyhnání a internování Benediktinů, nastala ve zdejším klášteře doba, kdy došlo k nenávratným škodám na této kulturní památce. Byla rozkradena značná část mobiliáře, část konventu byla využívána jako sklad zemědělských plodin a pouze malá část, světoznámá historická knihovna, byla spravována Univerzitní knihovnou Brno a tím byla zachráněna. Vlivem nevhodných zásahů do vodního režimu základů byly vytvořeny katastrofální podmínky pro hnilobu hlav dřevěných pilot. Stavba začala nepravidelně klesat, byla silně narušena statika budov.
Z větší části kláštera se poté stala kasárna, později sloužily vojskem využívané objekty pro skladování. Byly prováděny nevhodné zásahy do větracího systému, necitlivě byly poškozeny fresky, parkety apod. Střechy byly opravovány nedostatečně a tím došlo k hrubému poškození krovů a stropů.
Řadou provedených průzkumových prací jak v minulosti, tak v současnosti, byly zjištěny závažné poruchy objektů, způsobené především zmíněnou hnilobou hlav dřevěných pilot. V důsledku nerovnoměrného a nadměrného sedání došlo k trhlinám ve vodorovných a svislých konstrukcích, kde vodorovné konstrukce jsou převážně jako cihelné klenby. V dosud neopravených částech je zdivo značně provlhlé, dřevěné konstrukce krovů jsou prohnilé a napadené dřevokaznými škůdci, rovněž tak výplně otvorů (okna, dveře, vrata a schodiště, která jsou dřevěná) jsou v havarijním stavu. Vnitřní rozvody jsou přestárlé a nefunkční. Vnitřní umělecká výzdoba byla ve většině místností nevhodnými hrubými zásahy uživatelů velmi poškozena a v některých případech zničena.
V sedmdesátých letech iniciovala Univerzitní knihovna u bývalého Okresního národního výboru rekonstrukci části budov kláštera, kde se již tehdy počítalo s prostory pro památník písemnictví. Odborně bylo demontováno hnilobou poškozené dřevěné obložení knihovny. Následovala sanace budov - staticky byly zabezpečeny severní a východní křídlo bývalého konventu. Poté byly práce na čas přerušeny.
Od roku 1990 byly postupně tlakovou betonovou injektáží sanovány zbývající základy a byla staticky zajištěna část horní stavby budov, jsou opraveny krovy (část výměnou, část chemickým ošetřením), komíny a byly vyměněny vikýře, dešťové svody a okapy. Z důvodu nedostatku peněžních prostředků byla střešní krytina pouze přeložena a není dosud provedeno odvedení dešťových vod.
V severním křídle bývalého konventu jsou dokončeny: vstupní fortna se sociálním zařízením, výstavní místnost, vybavené zázemí farního centra a chodba v přízemí.
Ve východním křídle je zrekonstruovaná chodba, kapitulní síň a další výstavní místnosti. Část využívá opatství, část Památník písemnictví na Moravě. V druhém nadzemním podlaží jsou depozita.
V jižním křídle jsou v hlavním sále knihovny a v depozitáři dokončeny veškeré stavební práce, je dohotoveno a vybaveno zázemí knihovny. S ohledem na hnilobou poškozené dřevěné obložení knihovny a dlouhou dobu skladování celého mobiliáře v nevyhovujícím prostředí stavby byly náklady na restaurátorské práce značně vysoké. Do obnoveného depozitáře byla v roce 2002 uložena část knihovního fondu. V červnu 2004 bylo zahájeno ošetřování a přemisťování knih i do hlavního sálu a předsálí knihovny. 9. září 2004 byla většina knihovního fondu (více než 63 tisíce svazků) již vrácena na své původní místo a takto předána ředitelem Moravské zemské knihovny (MZK) zpět Benediktinskému opatství. Nejvzácnější rukopisy a tisky zůstávají v péči MZK v klimatizovaných prostorách.
Obnovená historická knihovna byla poprvé mimořádně přístupna veřejnosti v rámci Dnů evropského dědictví v září 2004. V současné době je zařazena do prohlídkové trasy Památníku písemnictví na Moravě.
Veškeré úsilí je zaměřeno na postupné využití celého bývalého konventu. Obnovované prostředí Santiniho monumentální architektury je nejen centrem významné poutní tradice, vzdělanosti a klášterního života. Historická knihovna dnes také slouží ke studijním účelům pro studenty a odbornou veřejnost. Pro návštěvníky byly postupně otevírány jednotlivé části prohlídkové trasy Památníku písemnictví na Moravě.
Koncem roku 2008 a v r. 2009 pokračovaly práce na úpravách druhého nádvoří a při této příležitosti bylo zajišťováno odvlhčení okolního zdiva a odvod dešťových vod.
Bylo nutné též provést rekonstrukci budovy, kde komunita žije, a přilehlého vjezdu do dvora a zahrady. Tyto práce byly provedeny v r. 2009 a 2012.
V roce 2011 začaly opět pokračovat opravy v další části určené pro Památník písemnictví, byla provedena opatření na vysoušení zdiva, restaurátorské práce, montáž vzduchotechniky, pokládka podlah, stolařské práce a řada dalších souvisejících prací. Dne 21. června 2012 byla tato rekonstrukce zkolaudována a 17. srpna bylo zahájeno předávací řízení opravené části kláštera mezi námi a Muzeem Brněnska. Dne 8. října 2012 byla tato další část Památníku písemnictví na Moravě slavnostně za účasti hejtmana JUDr. Jaroslava Haška otevřena pro veřejnost.
Na jaře 2013 byla opravena a 16. července zkolaudována severní fasáda jižního křídla prelatury.
Na podzim 2013 jsme čerpali prostředky MK ČR na projekt obnovy střešního pláště na objektu fary.
Rozhodnutím Ministerstva kultury o poskytnutí příspěvku na nemovité kulturní památky – Klášter benediktinů s kostelem sv. Petra a Pavla v Rajhradě, rejstř.č. ÚSKP 24767/7-918, k. ú. Rajhrad, okres Brno – venkov, kraj Jihomoravský, byl poskytnut v rámci státní finanční podpory z programu Podpora obnovy kulturních památek prostřednictvím obcí s rozšířenou působností, finanční účelový příspěvek ve výši 860 000 Kč na obnovu střešního pláště na objektu fary. Dne 11. 9. 2013 byl Městským úřadem Rajhrad, stavebním úřadem I. stupně, vydán souhlas s provedením ohlášeného stavebního záměru.
Na jaře 2014 byla do východní chodby kvadratury vrácena vitráž, která doslova vstala z trosek. Je na ní mj. sv. Benedikt se svojí sestrou sv. Scholastikou.
V červnu 2014 nás překvapil jeden farník, který na svém traktoru přivezl výsadbu letniček, které daroval a pomohl vysázen na nádvoří před kostelem.
Na podzim r. 2014 byla rekonstruována střecha nad částí hospodářských budov kláštera. Kompletně byla obnovena krytina a vyměněny poškozené části krovu.
Koncem roku 2015 byla dokončena rekonstrukce dvou místností v druhém podlaží jižního křídla prelatury a instalována knihovna, kterou pan profesor Miloš Stehlík věnoval našemu opatství. Pán Bůh zaplať za takový velkorysý dar.
V roce 2016 byly po procesu vysoušení dokončeny opravy soklu v opatském chrámu sv. Petra a Pavla. Byla tak realizována jedna z nejdůležitějších etap obnovy klášterního kostela.
V závěru roku byly zahájeny práce vedle knihovny profesora Miloše Stehlíka, kde je od prosince 2017 v dalších třech místnostech umístěna galerie jeho uměleckých sbírek. A připravují se zde i další výstavní prostory.
Probíhala také rekonstrukce části prvního podlaží prelatury, kde se budují nové prostory Farního centra. Dne 9. září 2017 byla otevřena nová zkušebna Rajhradského pěveckého sboru, kterou posvětil P. Augustin OSB.
Na nádvoří kláštera došlo i k opravě plotu.
V době od listopadu 2017 do ledna 2018 proběhla oprava mansardové střechy klášterní Taverny.
V březnu 2018 byla zahájena oprava průčelí opatského chrámu sv. Petra a Pavla. Byly sneseny horní části okrasných váz balustrády. V srpnu byly dokončeny restaurátorské práce na sochách sv. Vojtěcha, sv. Vintíře a na erbu nad vchodem do chrámu.
V červenci 2018 byla na našem zámečku v Lesním Hlubokém opravena kaple sv. Anny, kde jsou nyní krásné mozaiky, jejichž autorem je architekt Jiří Šťasta a nová křížová cesta od řezbáře Miroslava Háchy ze Sedlčan.
Rovněž byla zahájena generální oprava kaple Panny Marie Rajhradské, která je součástí opatského chrámu.
S ohledem na nutnost zastavení dalšího zhoršování technického stavu zbylých neopravených budov je nutné pokračovat především ve vysoušení zdiva, rekonstrukci okenních otvorů a dalších souvisejících prací.
Z dodaných materiálů vytvořil © fr. Jakub Maria J. Pohl OSB