Oratoř neboli modlitebna má být tím, co říká její jméno, a nic jiného se tam dělat ani skladovat nesmí...
(Z Řehole Benediktovy, kap. 52.)
Chrám sv. Petra a Pavla stojí na místě původního chrámu románského. P. Václav J. Pokorný poznamenává ve svých Dějinách kláštera, že jedinou zachovanou památkou na románský chrám byla hlavice sloupu uložená v klášterním muzeu. Chrám byl na délku kratší ve srovnání s dnešním chrámem, měl tři lodě zakončené apsidami a dvě postranní kaple. Nový chrám byl vysvěcen 7. června 1739 knížetem-biskupem olomouckým Jakubem Arnoštem z Lichtenštejna. S jeho stavbou se začalo na jaře 1722. Stavba chrámu působí velmi monumentálně. Chrámovému průčelí vévodily štíhlé věže dosahující výšky 65 metrů. Věže pocházely z let 1691 - 92, kostelní budova byla tedy přistavěna později. Dnes na tyto věže zbyla jen vzpomínka. Současná úprava věží je vlastně provizorium z roku 1942; při opravě kláštera se věže vlivem bouře a větru i s lešením zřítily. Ve výklencích na průčelí chrámu stojí sochy sv. biskupa Vojtěcha a sv. poustevníka Vintíře (Günthera). Sochy zhotovil v pol. 18. století brněnský sochař J. Břenek. Štít mezi věžemi je ozdoben rozměrným (5,5 x 3,5 m) mozaikovým obrazem Neposkvrněného početí Panny Marie. Mozaika byla zhotovena podle obrazu prof. Kleina a návrhu sochaře Bernarda O. Seelinga z Prahy r. 1895. Portál chrámu je tvořen skupinami korintských sloupů nesoucích balkon, který vede na kostelní kůr. Nad balkonem je umístěn kamenný dvojitý znak rajhradského kláštera. Kovanými železnými dveřmi vstupujeme do chrámu.
Vnitřek chrámu je prostorný, jednolodní, s dostatečným světlem vrhaným vysoko položenými okny. Podle architekta Prokopa měří chrám na délku 79,5 m, z toho na loď připadá 40 m. Chrámová loď se zúžováním a rozšiřováním hlavních zdí přeměňuje na dvě elipsovité vydutiny. Z toho také vyplývá změna šířky. Je to 9,5 m až 16,5 m. Klenba chrámové lodi je zaklenuta do čtyř kopulí, jejichž výška přesahuje 30 m. Kamenické práce v kostele jsou z pískovce boskovského, mramoru bohonického, presbytář je vydlážděn kamenem poličským, chrámová loď plotnami kelheimskými. Železné prvky se zpracovávaly v klášterních dílnách pod dozorem dovedného bratra - laika Fr. Günthera Sperla. Sklářské práce prováděly žďárské hutě. Mramorování stěn až po římsu provedli: Martin Wächter a Korutanec Frant. Türk. Chór andělů v oblacích s Bohem Otcem na stěně za hlavním oltářem se sochou P. Marie Rajhradské, obrovské sochy sv. Petra a Pavla, basreliefy, představující Zvěstování P. Marie, ukřižování sv. Petra a stětí sv. Pavla, kazatelna se symbolem pelikána, odznaky sv. evangelistů a čtyř latinských doktorů církevních.
Freskovou výzdobu kopulí provedl v letech 1726 - 1729 brněnský malíř Jan Jiří Etgens. Fresky představují oslavení řádu bedediktinského a jeho rozšíření v Evropě, Asii a Africe v prvních třech stoletích jeho trvání. Fresky nad kůrem znázorňují oslavu Boží zpěvným a hudebním uměním. Novou fresku v kopuli presbytáře namaloval v roce 1776 Josef Winterhalter z Brna. Na fresce je zachyceno Proměnění Páně na hoře Tábor.
Řezbářské práce na kůru, jakož i kamenné vázy na opěrných pilířích zvenčí kostela pocházejí z dílny ditrichštejnského dvorního sochaře Ignáce Lengelachera. Pro Rajhrad byl Lengelacher získán bratrem-laikem Fr. Güntherem Sperlem.
Úpravu nynějšího kostelního kůru s balustrádou navrhl roku 1896 architekt V. Dvořák. Varhany z roku 1733 byly roku 1909 modernizovány.
Hlavní oltář je mramorový s dvěma anděly, soškami sv. Cyrila a Metoděje a s baldachýnem nad tabernáklem. V roce 1898 byl zhotoven brněnským sochařským závodem fy. Tomola. Socha Božského Srdce Páně pochází z dílny Ignáce Bergmanna z Rajhradu. Po obou stranách svatostánku jsou obrázky na plechu znázorňující založení montekasinského kláštera sv. Benediktem, uvedení benediktinů do kláštera břevnovského sv. Vojtěchem, smrt sv. Vintíře poustevníka a hold rajhradských řeholníků sv. Josefu, patronu rakouské benediktinské kongregace.
V chrámové lodi je osm bočních oltářů. Většina soch těchto oltářů je od brněnského řezbáře Ondřeje Schweigla. Sochy na zadních oltářích jsou B. Edeleho z Brna. Oltáře jsou směrem od kazatelny v následujícím pořadí: sv. Ondřej s obrazem od Matyáše Šťastného z Brna. Sochy sv. Judy Tadeáše a sv. Benedikta jsou od Schweigla. Sv. Benedikt s obrazem Smrt sv. Benedikta od Josefa Führicha. V rakvi jsou uloženy ostatky svatého Defenedta. Sochy sv. Mauruse a sv. Placida jsou od Schweigla. Třetí oltář sv. Jana Nepomuckého s obrazem od J. J. Etgense má sochy sv. Prokopa a sv. Vojtěcha od Schweigla. Oltář sv. Rodiny s obrazem Jos. Winterhaltera má sochy sv. Davida a Zachariáše od Edeleho.
Další oltáře od sakristie: sv. Gertruda s obrazem od Etgense má sochy sv. Mechtilda a Valburga od Schweigla. Sv. Scholastika s obrazem sv. Benedikt se svou sestrou sv. Scholastikou od Jos. Führicha a se sochami sv. Hildegardy a sv. Otílie od Schweigla. V rakvi jsou ostatky sv. Felicissima. Sv. Barbora s nedokončeným obrazem od Františka Preise z Jihlavy. Sochy sv. Kateřiny a sv. Apolonie jsou od Schweigla. Posledním oltářem je oltář Všichni svatí benediktinského řádu s obrazem Jos. Winterhaltera a s Edeleho sochami sv. Ambrože a sv. Augustina.
Z chrámové lodi do konventu odbočuje mariánská kaple vybudovaná v letech 1748 -1749 převorem P. Hugonem Otmanským. Současná úprava pochází převážně z roku 1881 a je dílem Ignáce Bergmanna z Rajhradu. Tento řezbář restauroval také sochu Matky Boží Rajhradské. Podle tradice stávala tato socha na hlavním oltáři prý již od roku 1270. Socha byla zneuctěna za vpádu pruských vojáků roku 1742.
Před vchodem do mariánské kaple stojí na levé straně socha knížete Břetislava od Emanuela Maxe, která byla původně určena pro Veithův "Slavín". Koupě se neuskutečnila a socha byla na doporučení jezuitů prodána r. 1863 do rajhradského kláštera.
Pod kostelem jsou dvě krypty se zazděnými vchody v presbytáři a pod kůrem. Až do doby josefinské se do nich pohřbívalo. Po tomto období se řeholníci pohřbívají na farním hřbitově ve zvláštním oddělení. Blíže oltáře sv. Rodiny je vsazen do zdi náhrobní kámen Jiřího Jakuba, svob. pána z Ogilvy, obhájce Špilberku proti Švédům roku 1645. Byl sem pochován roku 1661. Do severní zdi kláštera zvenku byl zazděn náhrobek žďárského opata Ambrože, který na útěku před nepřáteli zemřel v Rajhradě roku 1540.
Za zmínku stojí i pozoruhodná vazba na kostele, která svou složitostí a množstvím materiálu ohromuje. Bylo na ni spotřebováno více než 430 dubových kmenů, koupených v roce 1728 v lesích panství veverského. Klášter ve svých lesích neměl dostatek vhodného dřeva.
K presbytáři chrámu přiléhá nad sakristií oratoř s oltářem sv. Benedikta. Prostory oratoře bývaly vyzdobeny obrazy malíře Josefa Zeleného, rajhradského rodáka (byl prvním učitelem Alfonse Muchy).
Z dodaných materiálů vytvořil © fr. Jakub Maria J. Pohl OSB